Se le ha criticado fuertemente por poseer letras que hablan sobre satanismo, violencia, asesinatos en serie y guerras, y se le ha acusado de apoyar el nazismo. Esta última acusación debida a la afición de Jeff Hanneman a coleccionar material de temática nazi y por letras como la canción "Angel Of Death", que trata sobre la figura de Josef Mengele. Sin embargo, los miembros del grupo niegan estas imputaciones.
Slayer (junto con Metallica, Anthrax y Megadeth) son considerados creadores del thrash metal estadounidense al acelerar el sonido de las bandas de New Wave of British Heavy Metal, como Iron Maiden y Judas Priest. Algo de la música de Slayer es también muy progresiva, pues cambia a menudo tiempos y arreglos en el centro de sus canciones.
Aunque Araya nunca ha utilizado el bajo estilo vocal "gutural" asociado usualmente al Death Metal, la música de Slayer son generalmente considerados por tener una influencia importante en el Death Metal y el Black Metal.
